Знают ли теперь две основные фракции, Альянс и Орда, что драконы из Черной стаи больше им не враги?

Да.

На момент событий дополнения Dragonflight этот факт стал официально признанным и широко известным, а статус Черной стаи изменился.

С пробуждением Драконьих островов Черная стая полноценно возродилась. Гневион и Сабеллиан, вернувшийся из Запределья вместе со своими сородичами и множеством неиспорченных яиц, объединили усилия для восстановления Обсидиановой цитадели. Драконья экспедиция, состоящая из героев, ученых и военных как Альянса, так и Орды, открыто сотрудничала с черными драконами. Более того, стая вновь заняла свое место в Союзе Вальдраккена.