Имеется ли в мире WoW различие таких понятий как химия и алхимия? 

Нет.

В Мире Военного Ремесла химия и алхимия являются тождественными понятиями. Фактически, второе есть аналог первого, но с присущей ему фэнтезийной примесью, в лице магии и прочих мелких моментов. Отыгрывая алхимика вы вполне себе можете ссылаться на некоторые химические явления из нашей жизни, если те, разумеется, не будут противоречить канонам WoW.